Él es, tal vez, el mayor difusor del ideal de educación humanista y cristiana de Cisneros. Su legado ha llegado hasta nuestros días a través de su creación personal, la Compañía de Jesús, la institución educativa más importante e influyente de los últimos 500 años de historia. Comprometida en la difusión de la fe y la práctica activa de la caridad, la Compañía de Jseús ha si siempre una abanderada de la educación para todos ya desde la época de San Iganacio.
Para poder desarrollar esta función y teniendo en cuenta que su voto de pobreza les impedía cobrar a los alumnos de sus centros educativos, crearon una amplia red de centros productivos, al estilo de Cisneros en la Complutense, que les permitieran sufragar los costosos gastos de este modelo, lo que les granjeó numerosas enemistades por el poder que alcanzaron. El mas importante ejemplo de este tipo de centros productivos fueron las Reducciones Jesuíticas de los Guaraníes, que aportaron fondos para todos los centros de la Compañia, la vision cristiana del trabajo se evidencio en que estas fueron el primer lugar del mundo donde se fijó una jornada laboral máxima de 6 horas y el reparto de dividendos entre los trabajadores de las haciendas.
Su éxito ha sido tal que, hoy en día, es la orden más numerosa de la Iglesia Católica con más de 17.000 miembros entre ellos el Papa Francisco que también realizó una parte de su formación como jesuita en Alcalá de Henares
